Deproteinization process that is effective depends on the magnitude of the phase between chloroform-water. This process can be done by forming an emulsion of water and chloroform. This can only be done by shaking or centrifugation strong as chloroform can not be mixed with water. Isoamyl alcohol serves as an emulsifier can be added to the chloroform to help the formation of emulsions and increase the surface area of the chloroform-water which will undergo protein precipitation. The use of chloroform isoamyl alcohol makes it possible to obtain highly pure DNA, but with a limited size (bp 20000-50000). Another function of the addition of the CIA is to remove the CTAB complex and left DNA on aquoeus phase. DNA is then tied from faseaquoeus by ethanol precipitation (Surzycki, 2000).
Proses deproteinisasi yang efektif bergantung pada besarnya fase antara kloroform-air. Proses ini dapat dilakukan dengan membentuk emulsi dari air dan kloroform. Hal ini hanya dapat dilakukan dengan penggojogan atau sentrifugasi yang kuat karena kloroform tidak dapat bercampur dengan air. Isoamil alkohol berfungsi sebagai emulsifier dapat ditambahkan ke kloroform untuk membantu pembentukan emulsi dan meningkatkan luas permukaan kloroform-air yang mana protein akan mengalami presipitasi. Penggunaan kloroform isoamil alkohol ini memungkinkan untuk didapatkan DNA yang sangat murni, namun dengan ukuran yang terbatas (20.000–50.000 bp). Fungsi lain dari penambahan CIA ini adalah untuk menghilangkan kompleks CTAB dan meninggalkan DNA pada fase aquoeus. DNA kemudian diikat dari faseaquoeus dengan presipitasi etanol (Surzycki, 2000).
After the extraction process, the DNA obtained can be concentrated through presipitasi.Pada commonly used ethanol or isopropanol in the precipitation stages. Both of these compounds will precipitate DNA aquoeus phase so that the DNA clot forming fiber structure and formed pellet after centrifugation (Switzer, 1999) .Hoelzel (1992) also added that the precipitation also serves to remove chloroform residues derived from the extraction stage.
Setelah proses ekstraksi, DNA yang didapat dapat dipekatkan melalui presipitasi.Pada umumnya digunakan etanol atau isopropanol dalam tahapan presipitasi. Kedua senyawa tersebut akan mempresipitasi DNA pada fase aquoeus sehingga DNA menggumpal membentuk struktur fiber dan terbentuk pellet setelah dilakukan sentrifugasi (Switzer, 1999).Hoelzel (1992) juga menambahkan bahwa presipitasi juga berfungsi untuk menghilangkan residu-residu kloroform yang berasal dari tahapan ekstraksi.
According Surzycki (2000), the principles of precipitation include first, lowering the nucleic acid solubility in water. This is because the polar water molecules that surround the DNA molecules in solution aquoeus. Positive dipole charge of water interacting with the negative charges on the DNA phosphodiester group. These interactions increase the solubility of DNA in water. Isopropanol can be mixed with water, but less polar than water. Isopropanol molecules can not interact with the polar groups of nucleic acids that isopropanol is a weak solvent for nucleic acid; second, the addition of isopropanol will eliminate the water molecules in the solution of DNA so that DNA will be precipitated; Third, the use of isopropanol cold will reduce the activity of water molecules so as to facilitate precipitation of DNA.
Menurut Surzycki (2000), prinsip-prinsip presipitasi antara lain pertama, menurunkan kelarutan asam nukleat dalam air. Hal ini dikarenakan molekul air yang polar mengelilingi molekul DNA di larutan aquoeus. Muatan dipole positif dari air berinteraksi dengan muatan negatif pada gugus fosfodiester DNA. Interaksi ini meningkatkan kelarutan DNA dalam air. Isopropanol dapat bercampur dengan air, namun kurang polar dibandingkan air. Molekul isopropanol tidak dapat berinteraksi dengan gugus polar dari asam nukleat sehingga isopropanol adalah pelarut yang lemah bagi asam nukleat; kedua, penambahan isopropanol akan menghilangkan molekul air dalam larutan DNA sehingga DNA akan terpresipitasi; ketiga, penggunaan isopropanol dingin akan menurunkan aktivitas molekul air sehingga memudahkan presipitasi DNA.
At the stage of this precipitation, the DNA will precipitate separated from residues of RNA and protein that remains. The residue also experience koagulasinamun not form the fiber structure and is in the form of precipitates when ethanol or isopropanol granular.Pada discarded and the pellet dried in the tube, then the pellets remaining in the tube is pekat.Proses presipitasikembali DNA with ethanol or isopropanol before the dried pellets can increase the degree of The isolated DNA purity (Bettelheim and Landesberg, 2007). Keller and Mark (1989) explains that washes back pellet precipitated by isopropanol by using ethanol aims to eliminate residues remaining salt. The salts are involved in the extraction process is less soluble in isopropanol so as to precipitate along the DNA, and therefore required back by ethanol precipitation after precipitation with isopropanol to remove residual salt (Ausubel et al., 2003).
Pada tahapan presipitasi ini, DNA yang terpresipitasi akan terpisah dari residu-residu RNA dan protein yang masih tersisa. Residu tersebut juga mengalami koagulasinamun tidak membentuk struktur fiber dan berada dalam bentuk presipitat granular.Pada saat etanol atau isopropanol dibuang dan pellet dikeringanginkan dalam tabung, maka pellet yang tersisa dalam tabung adalah DNA pekat.Proses presipitasikembali dengan etanol atau isopropanol sebelum pellet dikeringanginkan dapat meningkatkan derajat kemurnian DNA yang diisolasi (Bettelheim dan Landesberg, 2007). Keller dan Mark (1989) menerangkan bahwa pencucian kembali pellet yang dipresipitasi oleh isopropanol dengan menggunakan etanol bertujuan untuk menghilangkan residu-residu garam yang masih tersisa. Garam-garam yang terlibat dalam proses ekstraksi bersifat kurang larut dalam isopropanol sehingga dapat terpresipitasi bersama DNA, oleh sebab itu dibutuhkan presipitasi kembali dengan etanol setelah presipitasi dengan isopropanol untuk menghilangkan residu garam (Ausubel et al., 2003).
After precipitation and washing with ethanol, the ethanol is then removed and the pellet dried, the treatment aims to remove residual ethanol from pellet DNA. The removal of residual ethanol is done by evaporation due to volatile ethanol (Surzycki, 2000). In the washing step is usually ethanol mixed with ammonium acetate which aims to assist separating unwanted contaminants such as dNTP and oligosaccharides are bound to nucleic acids (Sambrook et al., 2001).
Setelah dilakukan proses presipitasi dan dilakukan pencucian dengan etanol, maka etanol kemudian dibuang dan pellet dikeringanginkan, perlakuan tersebut bertujuan untuk menghilangkan residu etanol dari pelet DNA. Penghilangan residu etanol dilakukan dengan cara evaporasi karena etanol mudah menguap (Surzycki, 2000). Pada tahap pencucian biasanya etanol dicampur dengan ammonium asetat yang bertujuan untuk membantu memisahkan kontaminan yang tidak diinginkan seperti dNTP dan oligosakarida yang terikat pada asam nukleat (Sambrook et al., 2001).
At the stage of this precipitation, the DNA will precipitate separated from residues of RNA and protein that remains. The residue also experience koagulasinamun not form the fiber structure and is in the form of precipitates when ethanol or isopropanol granular.Pada discarded and the pellet dried in the tube, then the pellets remaining in the tube is pekat.Proses presipitasikembali DNA with ethanol or isopropanol before the dried pellets can increase the degree of The isolated DNA purity (Bettelheim and Landesberg, 2007). Keller and Mark (1989) explains that washes back pellet precipitated by isopropanol by using ethanol aims to eliminate residues remaining salt. The salts are involved in the extraction process is less soluble in isopropanol so as to precipitate along the DNA, and therefore required back by ethanol precipitation after precipitation with isopropanol to remove residual salt (Ausubel et al., 2003).
Pada tahapan presipitasi ini, DNA yang terpresipitasi akan terpisah dari residu-residu RNA dan protein yang masih tersisa. Residu tersebut juga mengalami koagulasinamun tidak membentuk struktur fiber dan berada dalam bentuk presipitat granular.Pada saat etanol atau isopropanol dibuang dan pellet dikeringanginkan dalam tabung, maka pellet yang tersisa dalam tabung adalah DNA pekat.Proses presipitasikembali dengan etanol atau isopropanol sebelum pellet dikeringanginkan dapat meningkatkan derajat kemurnian DNA yang diisolasi (Bettelheim dan Landesberg, 2007). Keller dan Mark (1989) menerangkan bahwa pencucian kembali pellet yang dipresipitasi oleh isopropanol dengan menggunakan etanol bertujuan untuk menghilangkan residu-residu garam yang masih tersisa. Garam-garam yang terlibat dalam proses ekstraksi bersifat kurang larut dalam isopropanol sehingga dapat terpresipitasi bersama DNA, oleh sebab itu dibutuhkan presipitasi kembali dengan etanol setelah presipitasi dengan isopropanol untuk menghilangkan residu garam (Ausubel et al., 2003).
After precipitation and washing with ethanol, the ethanol is then removed and the pellet dried, the treatment aims to remove residual ethanol from pellet DNA. The removal of residual ethanol is done by evaporation due to volatile ethanol (Surzycki, 2000). In the washing step is usually ethanol mixed with ammonium acetate which aims to assist separating unwanted contaminants such as dNTP and oligosaccharides are bound to nucleic acids (Sambrook et al., 2001).
Setelah dilakukan proses presipitasi dan dilakukan pencucian dengan etanol, maka etanol kemudian dibuang dan pellet dikeringanginkan, perlakuan tersebut bertujuan untuk menghilangkan residu etanol dari pelet DNA. Penghilangan residu etanol dilakukan dengan cara evaporasi karena etanol mudah menguap (Surzycki, 2000). Pada tahap pencucian biasanya etanol dicampur dengan ammonium asetat yang bertujuan untuk membantu memisahkan kontaminan yang tidak diinginkan seperti dNTP dan oligosakarida yang terikat pada asam nukleat (Sambrook et al., 2001).
After the DNA pellet dried, the next step is the addition of TE buffer into tubes containing pellets and then stored in a freezer with temperatures around -20ºC. Verkuil et al. (2008) suggested that TE buffer and temperature storage at -20ºC intended that the DNA samples that have been extracted can be stored up to take weeks. Keller and Mark (1989) also explains that the dissolution returned to the TE buffer may also be split between RNA that has a lower molecular weight than the DNA so that DNA obtained is not contaminated by RNA and DNA is very stable when stored in a precipitated state at a temperature of -20ºC.
Setelah pellet DNA dikeringanginkan, tahap selanjutnya adalah penambahan buffer TE ke dalam tabung yang berisi pellet dan kemudian disimpan di dalam freezer dengan suhu sekitar -20ºC. Verkuil et al. (2008) menyatakan bahwa buffer TE dan penyimpanan suhu pada -20ºC bertujuan agar sampel DNA yang telah diekstraksi dapat disimpan hingga waktu berminggu-minggu. Keller dan Mark (1989) juga menjelaskan bahwa pelarutan kembali dengan buffer TE juga dapat memisahkan antara RNA yang mempunyai berat molekul lebih rendah dibandingkan DNA sehingga DNA yang didapatkan tidak terkontaminasi oleh RNA dan DNA sangat stabil ketika disimpan dalam keadaan terpresipitasi pada suhu -20ºC. DNA isolationcan also be doneby using akitthat has beenproducedbyseveralcompaniestosimplifyandaccelerate the process ofDNA isolation. Insulationkitsare alsoadapted to theneeds ofconsumersandthe cell typeto be used. Hereis a chart ofexamples ofplant DNAisolationusingnucleonKitPhytopurepresentedin
Proses deproteinisasi yang efektif bergantung pada besarnya fase antara kloroform-air. Proses ini dapat dilakukan dengan membentuk emulsi dari air dan kloroform. Hal ini hanya dapat dilakukan dengan penggojogan atau sentrifugasi yang kuat karena kloroform tidak dapat bercampur dengan air. Isoamil alkohol berfungsi sebagai emulsifier dapat ditambahkan ke kloroform untuk membantu pembentukan emulsi dan meningkatkan luas permukaan kloroform-air yang mana protein akan mengalami presipitasi. Penggunaan kloroform isoamil alkohol ini memungkinkan untuk didapatkan DNA yang sangat murni, namun dengan ukuran yang terbatas (20.000–50.000 bp). Fungsi lain dari penambahan CIA ini adalah untuk menghilangkan kompleks CTAB dan meninggalkan DNA pada fase aquoeus. DNA kemudian diikat dari faseaquoeus dengan presipitasi etanol (Surzycki, 2000).
After the extraction process, the DNA obtained can be concentrated through presipitasi.Pada commonly used ethanol or isopropanol in the precipitation stages. Both of these compounds will precipitate DNA aquoeus phase so that the DNA clot forming fiber structure and formed pellet after centrifugation (Switzer, 1999) .Hoelzel (1992) also added that the precipitation also serves to remove chloroform residues derived from the extraction stage.
Setelah proses ekstraksi, DNA yang didapat dapat dipekatkan melalui presipitasi.Pada umumnya digunakan etanol atau isopropanol dalam tahapan presipitasi. Kedua senyawa tersebut akan mempresipitasi DNA pada fase aquoeus sehingga DNA menggumpal membentuk struktur fiber dan terbentuk pellet setelah dilakukan sentrifugasi (Switzer, 1999).Hoelzel (1992) juga menambahkan bahwa presipitasi juga berfungsi untuk menghilangkan residu-residu kloroform yang berasal dari tahapan ekstraksi.
According Surzycki (2000), the principles of precipitation include first, lowering the nucleic acid solubility in water. This is because the polar water molecules that surround the DNA molecules in solution aquoeus. Positive dipole charge of water interacting with the negative charges on the DNA phosphodiester group. These interactions increase the solubility of DNA in water. Isopropanol can be mixed with water, but less polar than water. Isopropanol molecules can not interact with the polar groups of nucleic acids that isopropanol is a weak solvent for nucleic acid; second, the addition of isopropanol will eliminate the water molecules in the solution of DNA so that DNA will be precipitated; Third, the use of isopropanol cold will reduce the activity of water molecules so as to facilitate precipitation of DNA.
Menurut Surzycki (2000), prinsip-prinsip presipitasi antara lain pertama, menurunkan kelarutan asam nukleat dalam air. Hal ini dikarenakan molekul air yang polar mengelilingi molekul DNA di larutan aquoeus. Muatan dipole positif dari air berinteraksi dengan muatan negatif pada gugus fosfodiester DNA. Interaksi ini meningkatkan kelarutan DNA dalam air. Isopropanol dapat bercampur dengan air, namun kurang polar dibandingkan air. Molekul isopropanol tidak dapat berinteraksi dengan gugus polar dari asam nukleat sehingga isopropanol adalah pelarut yang lemah bagi asam nukleat; kedua, penambahan isopropanol akan menghilangkan molekul air dalam larutan DNA sehingga DNA akan terpresipitasi; ketiga, penggunaan isopropanol dingin akan menurunkan aktivitas molekul air sehingga memudahkan presipitasi DNA.
At the stage of this precipitation, the DNA will precipitate separated from residues of RNA and protein that remains. The residue also experience koagulasinamun not form the fiber structure and is in the form of precipitates when ethanol or isopropanol granular.Pada discarded and the pellet dried in the tube, then the pellets remaining in the tube is pekat.Proses presipitasikembali DNA with ethanol or isopropanol before the dried pellets can increase the degree of The isolated DNA purity (Bettelheim and Landesberg, 2007). Keller and Mark (1989) explains that washes back pellet precipitated by isopropanol by using ethanol aims to eliminate residues remaining salt. The salts are involved in the extraction process is less soluble in isopropanol so as to precipitate along the DNA, and therefore required back by ethanol precipitation after precipitation with isopropanol to remove residual salt (Ausubel et al., 2003).
Pada tahapan presipitasi ini, DNA yang terpresipitasi akan terpisah dari residu-residu RNA dan protein yang masih tersisa. Residu tersebut juga mengalami koagulasinamun tidak membentuk struktur fiber dan berada dalam bentuk presipitat granular.Pada saat etanol atau isopropanol dibuang dan pellet dikeringanginkan dalam tabung, maka pellet yang tersisa dalam tabung adalah DNA pekat.Proses presipitasikembali dengan etanol atau isopropanol sebelum pellet dikeringanginkan dapat meningkatkan derajat kemurnian DNA yang diisolasi (Bettelheim dan Landesberg, 2007). Keller dan Mark (1989) menerangkan bahwa pencucian kembali pellet yang dipresipitasi oleh isopropanol dengan menggunakan etanol bertujuan untuk menghilangkan residu-residu garam yang masih tersisa. Garam-garam yang terlibat dalam proses ekstraksi bersifat kurang larut dalam isopropanol sehingga dapat terpresipitasi bersama DNA, oleh sebab itu dibutuhkan presipitasi kembali dengan etanol setelah presipitasi dengan isopropanol untuk menghilangkan residu garam (Ausubel et al., 2003).
After precipitation and washing with ethanol, the ethanol is then removed and the pellet dried, the treatment aims to remove residual ethanol from pellet DNA. The removal of residual ethanol is done by evaporation due to volatile ethanol (Surzycki, 2000). In the washing step is usually ethanol mixed with ammonium acetate which aims to assist separating unwanted contaminants such as dNTP and oligosaccharides are bound to nucleic acids (Sambrook et al., 2001).
Setelah dilakukan proses presipitasi dan dilakukan pencucian dengan etanol, maka etanol kemudian dibuang dan pellet dikeringanginkan, perlakuan tersebut bertujuan untuk menghilangkan residu etanol dari pelet DNA. Penghilangan residu etanol dilakukan dengan cara evaporasi karena etanol mudah menguap (Surzycki, 2000). Pada tahap pencucian biasanya etanol dicampur dengan ammonium asetat yang bertujuan untuk membantu memisahkan kontaminan yang tidak diinginkan seperti dNTP dan oligosakarida yang terikat pada asam nukleat (Sambrook et al., 2001).
At the stage of this precipitation, the DNA will precipitate separated from residues of RNA and protein that remains. The residue also experience koagulasinamun not form the fiber structure and is in the form of precipitates when ethanol or isopropanol granular.Pada discarded and the pellet dried in the tube, then the pellets remaining in the tube is pekat.Proses presipitasikembali DNA with ethanol or isopropanol before the dried pellets can increase the degree of The isolated DNA purity (Bettelheim and Landesberg, 2007). Keller and Mark (1989) explains that washes back pellet precipitated by isopropanol by using ethanol aims to eliminate residues remaining salt. The salts are involved in the extraction process is less soluble in isopropanol so as to precipitate along the DNA, and therefore required back by ethanol precipitation after precipitation with isopropanol to remove residual salt (Ausubel et al., 2003).
Pada tahapan presipitasi ini, DNA yang terpresipitasi akan terpisah dari residu-residu RNA dan protein yang masih tersisa. Residu tersebut juga mengalami koagulasinamun tidak membentuk struktur fiber dan berada dalam bentuk presipitat granular.Pada saat etanol atau isopropanol dibuang dan pellet dikeringanginkan dalam tabung, maka pellet yang tersisa dalam tabung adalah DNA pekat.Proses presipitasikembali dengan etanol atau isopropanol sebelum pellet dikeringanginkan dapat meningkatkan derajat kemurnian DNA yang diisolasi (Bettelheim dan Landesberg, 2007). Keller dan Mark (1989) menerangkan bahwa pencucian kembali pellet yang dipresipitasi oleh isopropanol dengan menggunakan etanol bertujuan untuk menghilangkan residu-residu garam yang masih tersisa. Garam-garam yang terlibat dalam proses ekstraksi bersifat kurang larut dalam isopropanol sehingga dapat terpresipitasi bersama DNA, oleh sebab itu dibutuhkan presipitasi kembali dengan etanol setelah presipitasi dengan isopropanol untuk menghilangkan residu garam (Ausubel et al., 2003).
After precipitation and washing with ethanol, the ethanol is then removed and the pellet dried, the treatment aims to remove residual ethanol from pellet DNA. The removal of residual ethanol is done by evaporation due to volatile ethanol (Surzycki, 2000). In the washing step is usually ethanol mixed with ammonium acetate which aims to assist separating unwanted contaminants such as dNTP and oligosaccharides are bound to nucleic acids (Sambrook et al., 2001).
Setelah dilakukan proses presipitasi dan dilakukan pencucian dengan etanol, maka etanol kemudian dibuang dan pellet dikeringanginkan, perlakuan tersebut bertujuan untuk menghilangkan residu etanol dari pelet DNA. Penghilangan residu etanol dilakukan dengan cara evaporasi karena etanol mudah menguap (Surzycki, 2000). Pada tahap pencucian biasanya etanol dicampur dengan ammonium asetat yang bertujuan untuk membantu memisahkan kontaminan yang tidak diinginkan seperti dNTP dan oligosakarida yang terikat pada asam nukleat (Sambrook et al., 2001).
After the DNA pellet dried, the next step is the addition of TE buffer into tubes containing pellets and then stored in a freezer with temperatures around -20ºC. Verkuil et al. (2008) suggested that TE buffer and temperature storage at -20ºC intended that the DNA samples that have been extracted can be stored up to take weeks. Keller and Mark (1989) also explains that the dissolution returned to the TE buffer may also be split between RNA that has a lower molecular weight than the DNA so that DNA obtained is not contaminated by RNA and DNA is very stable when stored in a precipitated state at a temperature of -20ºC.
Setelah pellet DNA dikeringanginkan, tahap selanjutnya adalah penambahan buffer TE ke dalam tabung yang berisi pellet dan kemudian disimpan di dalam freezer dengan suhu sekitar -20ºC. Verkuil et al. (2008) menyatakan bahwa buffer TE dan penyimpanan suhu pada -20ºC bertujuan agar sampel DNA yang telah diekstraksi dapat disimpan hingga waktu berminggu-minggu. Keller dan Mark (1989) juga menjelaskan bahwa pelarutan kembali dengan buffer TE juga dapat memisahkan antara RNA yang mempunyai berat molekul lebih rendah dibandingkan DNA sehingga DNA yang didapatkan tidak terkontaminasi oleh RNA dan DNA sangat stabil ketika disimpan dalam keadaan terpresipitasi pada suhu -20ºC. DNA isolationcan also be doneby using akitthat has beenproducedbyseveralcompaniestosimplifyandaccelerate the process ofDNA isolation. Insulationkitsare alsoadapted to theneeds ofconsumersandthe cell typeto be used. Hereis a chart ofexamples ofplant DNAisolationusingnucleonKitPhytopurepresentedin
Post a Comment